分子動力学AFM像シミュレータ: MD

このページでは、分子動力学AFM像シミュレータMDの計算モードの一つである、緩和計算(relaxation)をご紹介致します。
各計算例を示した項目にリンクが張られています。
そのリンクをたどると、使い方を示した動画やソフトウェアの使用手順を書いた書類を利用することが出来ます。
また、様々な入力パラメータが書き込まれているprojectファイルも、編集画面を通して自由に変更可能です。
また、ご自分で探針・試料の構造データを用意する方法へのリンクも張られています。
これらの資料を使って、MDの使用の手助けとして下さい。

緩和計算(relaxation)

試料中の固定する原子と、動かす原子を指定して、構造緩和計算を行います。
温度を指定することもできます。
緩和された分子構造が、最終的に得られます。
緩和計算で決定されたエネルギー的に安定な分子構造を、別の新たなSPMシミュレーション計算の入力データとして使うことができます。

[具体的な使用例]　以下のリストから、ご自分の目的に近いと思われるものを、お選びください。

dichlorobenzeneの構造最適化

porphyrinの構造最適化

[探針・試料データを作成する方法]

SetModel, ChemSketch: 探針・試料データ作成ソフト

探針・試料の形状データについてのさらに詳しい内容は この部分 にまとめられています。

[ドキュメント類]

• MDのシミュレーションの具体例が、「SPMシミュレータ・チュートリアル」の、 この部分 にまとめられています。
• MDの数値計算パラメータの詳細が、「SPMシミュレータ・リファレンスマニュアル」の、 この部分 にまとめられています。
• MDの技術的な詳細に関する説明が、「SPMシミュレータ・ガイドブック」の、 この部分 にまとめられています。

上記の具体的な使用例のリストの中に、自分の目的に合ったものが見つからない場合は、こちらまでメールでご連絡ください。
なお、このメールには、お客様がどの箇所でつまづいたかを識別するための記号が、「件名」に挿入される仕組みとなっております。

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