高速相互予測AFMシミュレータ: GeoAFM

このページでは、高速相互予測AFMシミュレータGeoAFMの計算モードの一つである、[探針形状データ、試料表面凹凸形状データから、測定AFM像データを求めるモード]をご紹介致します。
各計算例を示した項目にリンクが張られています。
そのリンクをたどると、使い方を示した動画やソフトウェアの使用手順を書いた書類を利用することが出来ます。
また、様々な入力パラメータが書き込まれているprojectファイルも、編集画面を通して自由に変更可能です。
試料の形状データをご自分で用意される際の方法は、[試料の形状データの用意の仕方]に記述してあります。
これらの資料を使って、GeoAFMの使用の手助けとして下さい。

[探針形状データ、試料表面凹凸形状データから、測定AFM像データを求めるモード]

探針形状データおよび試料表面凹凸形状データから、測定AFM像を推定します。
接触型AFM像測定、すなわち、カンチレバー先端の探針を試料表面に接触させた状態で、試料表面を走査する状況に対応しています。

[具体的な使用例]　以下のリストから、ご自分の目的に近いと思われるものを、お選びください。

ピラミッド型探針を使用した、HOPG(HighlyOriented Pyrolytic Graphite：高配向熱分解黒鉛)上に配置されたラクトン系高分子量ポリマー(CLG：εカプロラクトン・(L)ラクチド・グリコリド共重合体)の、AFM像シミュレーション

先端が二股になっている不完全な探針を使った、HOPG(HighlyOriented Pyrolytic Graphite：高配向熱分解黒鉛)上に配置されたラクトン系高分子量ポリマー(CLG：εカプロラクトン・(L)ラクチド・グリコリド共重合体)の、AFM像シミュレーション

Cone型探針を使った、GroEL(シャペロニン)の、AFM像シミュレーション (シャペロニンは、縦140[Å]、横140[Å]、高さ200[Å]の籠のような形をした高分子です。AFM画像によって、籠の上部の穴を再現します。)

先端が二股になっている不完全な探針を使った、GroEL(シャペロニン)の、AFM像シミュレーション (シャペロニンは、縦140[Å]、横140[Å]、高さ200[Å]の籠のような形をした高分子です。AFM画像によって、籠の上部の穴を再現します。)

ピラミッド型探針を使用した、Si(111)-(7×7)DAS構造の、AFM像シミュレーション

[試料の形状データの用意の仕方]
上記のシミュレーションを実行する場合、試料の形状を表現するデータが必要となります。
様々なたんぱく質の形状データが、pdb形式と呼ばれるファイルで、Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do から提供されています。
これを利用すると、簡単にシミュレーションが実行可能です。
探針・試料の形状データについてのさらに詳しい内容はこの部分にまとめられています。
Protein Data Bankで計算したい試料が見つからない、或いは、試料の形状データの用意の仕方が分からない場合は、下のメールフォームからメールでご連絡下さい。

[ドキュメント類]

GeoAFMの、探針形状データ、試料表面凹凸形状データから、測定AFM像データを求めるモードでのシミュレーションの具体例が、「SPMシミュレータ・チュートリアル」の、この部分にまとめられています。

GeoAFMの、探針形状データ、試料表面凹凸形状データから、測定AFM像データを求めるモードでの数値計算パラメータ設定の詳細が、「SPMシミュレータ・リファレンスマニュアル」の、この部分にまとめられています。

GeoAFMの、探針形状データ、試料表面凹凸形状データから、測定AFM像データを求めるモードの技術的な詳細に関する説明が、「SPMシミュレータ・ガイドブック」の、この部分、および、この部分および、この部分にまとめられています。

上記の具体的な使用例のリストの中に、自分の目的に合ったものが見つからない場合は、こちらまでメールでご連絡ください。
なお、このメールには、お客様がどの箇所でつまづいたかを識別するための記号が、「件名」に挿入される仕組みとなっております。