SPMシミュレータで使用する探針・試料データのフォーマット

このページでは、SPMシミュレータで使用できる探針・試料データのフォーマット、 及び、そのフォーマットを準備する方法について説明致します。
ソルバー毎に使用可能なデータ形式を確認することができます。
また、それぞれのデータ形式を準備する方法が記述してあります。

SetModelは弊社が開発したプログラムです。
ChemSketchは、フリーソフトで提供されており、このページからダウンロードできます。
OpenBabelは、フリーソフトで提供されており、このページからダウンロードできます。

[ソルバーごとの使用可能なデータ形式]
SPMシミュレータでシミュレーションを行う際に、探針・試料データが必要となります。
以下のテーブルにはソルバー毎に使用可能なデータのデータ形式を記述しています。
ソルバ PDB形式 画像ファイル
(PNG, BMP, JPG形式)		 CUBE形式 XYZ形式 TXYZ形式
GeoAFM,
FemAFM		 ○ ○ ○ ○ ○
CG,
MD		 ○
DFTB ○ ○

[それぞれのデータ形式の準備の仕方]

PDB形式

PDB形式はたんぱく質の形状データです。
様々なたんぱく質の形状データが、pdb形式と呼ばれるファイルで、Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do から提供されています。
計算したいたんぱく質のPDBファイルをダウンロードしてください。

画像ファイル(PNG形式, BMP, JPG形式)

GeoAFM、及び、FemAFMでは探針・試料の形状データとしてグレースケール(白黒)の 画像ファイルを用いることができます。
PNG形式、BMP形式、及びJPG形式のグレースケールの画像ファイルを使用することができます。
PNG形式、BMP形式、及びJPG形式の画像ファイルはGIMPなどのペイントツールを用いて作成することができます。
詳しい用意の仕方は計算事例ファイルの24ページ目である この部分 にまとめられています。

CUBE形式

CUBE形式はSPMシミュレータで用いている形状データのフォーマットであり、 Analyzerが読み込んだ実験画像データをCUBE形式で保存することにより用意する事ができます。
Analyzerの、使用方法は、「SPMシミュレータ・チュートリアル」の、 この部分 にまとめられています。

XYZ形式、及び、TXYZ形式

XYZ形式、及び、TXYZ形式のファイルを用意する方法は、

  1. 弊社が開発したSetModelを用いる方法
  2. フリーソフトウェアであるChemsketch及びOpenBabelを用いる方法

の2通りがあります。
1.の方法の詳細は「SPMシミュレータ・チュートリアル」の、 この部分 にまとめられています。
2.の方法の詳細は「SPMシミュレータ・チュートリアル」の、 この部分 にまとめられています。

(1.の方法)
SetModelで分子構造を作成 		right_arrow
XYZ形式ファイル完成
TXYZ形式ファイル完成
(2.の方法)
ChemSketchで分子構造を作成 		right_arrow MOL形式ファイル right_arrow OpenBabelでファイル形式の変換 right_arrow
XYZ形式ファイル完成
TXYZ形式ファイル完成

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なお、このメールには、お客様がどの箇所でつまづいたかを識別するための記号が、「件名」に挿入される仕組みとなっております。
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